马德里,13(欧洲出版社)
抗生素耐药性 (AMR) 是一个全球性威胁,尤其是在真菌病原体中。为了优化现有抗真菌药物的使用,西班牙国家研究委员会 (CSIC) 的研究人员创建了一个大型数据库和软件,用于研究与抗生素耐药性相关的真菌突变。
为了应对这一挑战,由功能生物学和基因组学研究所 (IBFG, CSIC-USAL)、萨拉曼卡大学和加拿大拉瓦尔大学领导的国际团队,在加拿大和荷兰各机构的支持下,创建了 FungAMR 数据库,该数据库汇集了 95 种具有临床、农业和环境意义的真菌中发现的 50,000 多个条目和 35,000 多个基因突变,与 246 种蛋白质相关,并对总共 208 种抗真菌药物产生抗性。
这些信息是从500多项科学研究中手动提取的,并根据实验证据的级别进行了严格分类,以便用户评估每个突变的可靠性和科学支持。这项研究最近发表在《自然微生物学》杂志上。
“FungAMR 的动机是迫切需要一个全面、详细、可靠的抗真菌耐药机制数据库。FungAMR 拥有用户友好且直观的网页界面,将极大地提升其可用性。”拉瓦尔大学研究员 Christian R. Landry 强调道。
此外,该团队还开发了 ChroQueTas(染色体查询目标)软件,这是一款开创性的生物信息学工具,可用于分析真菌基因组和/或蛋白质组,并自动检测导致抗真菌药物耐药性的突变。ChroQueTas 是一款免费软件,可快速、准确且可扩展地对临床和环境菌株进行基因筛查。
“在我们对已发表研究的基因组进行的测试中,ChroQueTas 可靠地报告了先前描述过的突变,并识别了这些基因组中先前未报告过的突变,证明了其作为基因组监测关键工具的潜力,”功能生物学和基因组学研究所 (IBFG) 研究员 Narciso M. Quijada 说。
这项研究表明,由于多种抗真菌药物的作用机制相似,许多突变会同时产生耐药性(交叉耐药性),并且这种耐药性可能源于不同物种的相同机制。抗真菌药物(尤其是唑类药物)在农业中的广泛使用被认为是导致这一问题的主要进化压力之一。这种情况使得真菌感染的治疗变得困难,并凸显了开发具有替代作用机制的新疗法的迫切需求。
FungAMR 现已作为综合抗生素耐药性数据库 (CARD,https://card.mcmaster.ca/fungamrhome) 门户网站的网页界面提供,并将定期更新数据。用户可以通过 fungamr.db@gmail.com 联系数据库。