МАДРИД, 13 (EUROPA PRESS)
Устойчивость к противомикробным препаратам (УПП) представляет собой глобальную угрозу, особенно среди грибковых патогенов. Чтобы оптимизировать использование доступных противогрибковых препаратов, исследователи из Национального исследовательского совета Испании (CSIC) создали обширную базу данных и программное обеспечение для изучения мутаций грибов, связанных с устойчивостью к противомикробным препаратам.
Для решения этой проблемы международная группа ученых под руководством Института функциональной биологии и геномики (IBFG, CSIC-USAL), Университета Саламанки и Университета Лаваля (Канада) при поддержке различных учреждений Канады и Нидерландов создала FungAMR — базу данных, содержащую более 50 000 записей и 35 000 генетических мутаций, выявленных у 95 видов грибов, представляющих клинический, сельскохозяйственный и экологический интерес, связанных с 246 белками и обусловливающих устойчивость к в общей сложности 208 противогрибковым препаратам.
Эта информация была вручную извлечена из более чем 500 научных исследований и строго классифицирована по уровню экспериментальных данных, что позволяет пользователям оценить надёжность и научную обоснованность каждой мутации. Работа недавно была опубликована в журнале Nature Microbiology.
«Мотивацией создания FungAMR стала острая необходимость в комплексной, подробной и надежной базе данных механизмов устойчивости к противогрибковым препаратам. Наличие FungAMR в удобном и интуитивно понятном веб-интерфейсе значительно упростит его использование», — подчеркивает Кристиан Р. Ландри, исследователь из Университета Лаваля.
Кроме того, команда разработала программное обеспечение ChroQueTas (Chromosome Query Targets) – новаторский биоинформатический инструмент, позволяющий анализировать геномы и/или протеомы грибов и автоматически выявлять мутации, обуславливающие устойчивость к противогрибковым препаратам. ChroQueTas, доступный в виде бесплатного программного обеспечения, обеспечивает быстрый, точный и масштабируемый генетический скрининг клинических и экологических штаммов.
«В ходе тестов, которые мы провели на геномах из опубликованных исследований, ChroQueTas достоверно выявил ранее описанные мутации, а также идентифицировал ранее не зарегистрированные мутации в этих геномах, продемонстрировав свой потенциал в качестве ключевого инструмента для геномного надзора», — говорит Нарцисо М. Кихада, исследователь из Института функциональной биологии и геномики (IBFG).
Исследование показывает, что многие мутации обуславливают устойчивость к нескольким противогрибковым препаратам одновременно (перекрёстная резистентность) из-за их схожего механизма действия, и что эта устойчивость может возникать по одному и тому же механизму у разных видов. Широкое использование противогрибковых препаратов в сельском хозяйстве, особенно азолов, считается одним из основных эволюционных факторов, обусловливающих эту проблему. Эта ситуация затрудняет лечение грибковых инфекций и подчёркивает острую необходимость разработки новых методов лечения с альтернативными механизмами действия.
FungAMR теперь доступен в виде веб-интерфейса на портале Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD, https://card.mcmaster.ca/fungamrhome) и будет периодически обновляться новыми данными. Пользователи могут связаться с базой данных по электронной почте fungamr.db@gmail.com.
